医院污水消毒常用的消毒工艺有氯消毒（如氯气、二氧化氯、次氯酸钠）、氧化剂消毒（如臭氧、过氧乙酸）、辐射消毒（如紫外线、γ射线）。表5-1对常用的氯消毒、臭氧消毒、二氧化氯消毒、次氯酸钠消毒和紫外线消毒法的优缺点进行了归纳和比较。
而对于经过二级处理的污水和再生水， 紫外穿透率一般为40% ~ 80%， 采用紫外线消毒方式是不错的选择。但是紫外线消毒法不能提供剩余的消毒能力， 当处理水离开反应器之后， 一些被紫外线杀伤的微生物在光复活机制下会修复损伤的DNA分子， 使细菌再生。
氧化还原法：药剂氧化法、药剂还原法、电化学法；化学物理消毒法：臭氧、紫外线、二氧化氯、氯气、次氯酸钠。溶解态污染物的物理化学分离技术：吸附法；离子交换法；膜分离法：扩散渗析、电渗析、反渗透、超滤、纳滤、微滤 ；其他分离方法：吹脱和气提、萃取、蒸发、结晶、冷冻。
目前世界上安全的自来水消毒方法是臭氧消毒，不过这种方法的处理费用太昂贵，而且经过臭氧处理过的水，它的保留时间是有限的，至于能保留多长时间，目前还没有一个确切的概念。所以目前只有少数的发达国家才使用这种处理方法。
几种常用的城市污水处理方法及其微生物作用 物理消毒方法——紫外线消毒 紫外线消毒是一种物理消毒方法，其原理是通过紫外线破坏微生物的遗传物质（DNA或RNA），从而使其失去繁殖能力。紫外线能够摧毁微生物的结构，并且在水处理中，波长为260nm的紫外线最为有效。
一般采用二氧化氯消毒，有两种方式：氯酸钠和盐酸利用二氧化氯发生器生成二氧化氯消毒 直接使用二氧化氯成品来消毒 第二种方式使用方便些，混合比例更容易控制，不宜造成药剂的混合不均。
二氧化氯是一种广泛且高效的杀菌剂，其对细菌、芽孢、病毒和藻类都有显著的杀菌效果，这一点已经通过实验和实际应用得到了证实。二氧化氯的消毒能力源于其强大的氧化性，其氧化能力超过氯的6倍，次氯酸钠的0倍，使其成为一种高效的杀菌剂。
二氧化氯是一种广谱、高效的杀菌剂，实验和应用证实，它对细菌、芽孢、病毒、藻类均有良好的杀菌效果。它的消毒经理源于二氧化氯的强氧化性，其氧化能力是氯的6倍，次氯酸钠的0倍，它是高效的杀菌剂。0.1ppm下即可杀灭所有细菌繁殖体、肝炎病毒、噬菌体和细菌芽孢、大肠杆菌等。
在医院污水处理中，次氯酸钠通常被用作消毒剂，用于杀灭细菌和病毒。次氯酸钠的工业级产品通常具有较高的纯度和浓度，能够更有效地进行消毒处理。而食品级次氯酸钠主要用于食品加工过程中的消毒和防腐，对纯度和浓度要求相对较低。因此，医院污水处理用的次氯酸钠一般属于工业级产品。
医院污水消毒用盐酸氯酸钠，活性氧消毒剂，次氯酸钠，臭氧，紫外线。还有一种二氧化氯消毒粉。用化学法二氧化氯发器或者投加器。
加氯消毒法：医院污水处理站可采用液氯消毒法或次氯酸钠消毒法，小型医院的污水地亦可采用漂白粉消毒法。液氯消毒法：用加氯机，以定时定量加氯法投放浪氯。小型的污水池，允许用定容定量加氯法投放液氮。必须有相应的安全防护设施。
1、医疗废水的消毒时间根据医院的性质相关，以医院用二氧化氯成品消毒剂为例，综合性医院的污水处理一般消毒半小时到一小时之间就可以排放，传染性等特殊性的医院污水在药量加大的情况下，时间要在一小时之上才可以排放。
2、二级标准：消毒接触池接触时间1h，接触池出口总余氯2-8 mg/L。（2）采用其他消毒剂对总余氯不作要求。
3、法律分析：根据《医疗机构水污染物排放标准》：总氯排放限值值为：0.5mg/L（日均）。注：医院废水处理如用含氯消毒剂进行消毒，工艺控制要求为：排放标准：消毒接触池接触时间大于等于一小时，接触池出口。
4、排放标准：消毒接触池接触时间大于等于一小时，接触池出口 总余氯3-10mg/L 预处理标准：消毒接触池接触时间大于等于一小时，接触池出口 总余氯2-8mg/L 其他消毒剂对总余氯不作要求。
5、采用臭氧消毒，污水悬浮物浓度应小于20mg/L，臭氧用量应大于10mg/L，接触时间应大于12min或由试验确定。
6、二级标准：消毒接触池接触时间≥1h，接触池出口总余氯2-8 mg/L。2）采用其他消毒剂对总余氯不作要求。传染病、结核病医疗机构水污染物排放限值（日均值）注：1）采用含氯消毒剂消毒的工艺控制要求为： 消毒接触池的接触时间≥5h，接触池出口总余氯5-10 mg/L。
化学消毒方法1液氯消毒1）液氯消毒原理。向水中加入液氯或者次氯酸盐（如NaClO）溶液消毒时，在水中发生如下反应：HOC，lOCl-之和称作有效自由氯，其中以HOCl消毒效果最好。排入水体时，氯会和水中的氨氮、有机氮反应生成消毒效果较差的无机氯胺和有机氯胺，称作化合氯。
消毒方法可分为物理消毒法和化学消毒法。物理消毒法主要利用加热、冷冻、辐照等方法对微生物的遗传物质核酸进行破坏而达到消毒目的，工程中常用的物理消毒方法主要有紫外线消毒法等。
活性污泥法：SBR、AO、AAO、氧化沟等；生物膜法：生物滤池、生物转盘、生物接触氧化池等；厌氧生物处理法：厌氧消化、水解酸化池、UASB等；自然条件下的生物处理法：稳定塘、生态系统塘、土地处理法。
