就地保护不仅保护了所在生境中的物种个体、种群或群落，而且还维持了所在区域生态系统中能量和物质运动的过程，保证了物种的正常发育与进化过程以及物种与其环境间的生态学过程，并保护了物种在原生环境下的生存能力和种内遗传变异度。
回国后，陈灵芝专注于北京山区人工林和灌丛生态系统的研究，她以北京西部的东灵山为研究对象，推动了暖温带森林生态系统研究的空白。与学生和生态学家合作，她的研究涉及能量生态、水分循环、养分循环等多个领域，成果显著，其中包括《暖温带森林生态系统结构与功能的研究》等专著。
生态系统，是生物与环境的和谐共舞，由生产者、消费者（包括分解者和硝化细菌）以及无机环境构成。营养结构，如食物链和食物网，是能量流动和物质循环的桥梁。生态系统功能多样，如能量单向传递、物质循环的全球性，信息传递在生态系统稳定性和农业生产中的关键作用。
生态系统自我调节能力的强弱是多方因素共同作用体现的。一般地：成分多样、能量流动和物质循环途径复杂的生态系统自我调节能力强；反之，结构与成分单一的生态系统自我调节能力就相对更弱。
方晰在科研和教学领域积累了丰富的经验，专注于生态学研究。其研究重点在于南方退化生态系统植被恢复、亚热带森林生态系统的定位研究以及区域景观生态的探讨。
